มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มีนโยบายให้วิทยาเขตกำแพงแสนมีโครงสร้างและระบบการบริหารที่เบ็ดเสร็จ มีการจัดการและบริหารทรัพยากรให้มีประสิทธิภาพมุ่งสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการ ด้านการเกษตร เพื่อเป็นศูนย์กลางของภูมิภาคตะวันตกโดยเน้นพื้นที่บริเวณลุ่มน้ำแม่กลองสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จึงได้อนุมัติให้จัดตั้ง สำนักส่งเสริมและฝึกอบรมกำแพงแสน เป็นหน่วยงานเทียบเท่าคณะ เมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ.2548 และได้ตัดโอนอัตรากำลังข้าราชการจำนวน 37 อัตรา พนักงานมหาวิทยาลัย จำนวน 1 อัตรา และลูกจ้างประจำ จำนวน 25 อัตรา มาสังกัดสำนักส่งเสริมและฝึกอบรม กำแพงแสน ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 และมีการแบ่งหน่วยงานภายในเป็น 8 ฝ่าย ประกอบด้วย 1.ฝ่ายบริหารและธุรการทั่วไป 2.ฝ่ายส่งเสริมและเผยแพร่ 3.ฝ่ายฝึกอบรม 4.ฝ่ายการพิมพ์ 5.ฝ่ายพัฒนาสื่อการส่งเสริม 6.ฝ่ายสื่อสารการตลาด7.ฝ่ายการศึกษา 8.ฝ่ายวิจัยและพัฒนา
ปัจจุบัน สำนักส่งเสริมและฝึกอบรม กำแพงแสน ได้ขออนุมัติปรับโครงสร้างการบริหารงานจาก 8 ฝ่าย เหลือ 5 ฝ่าย โดยสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้อนุมัติตามมติที่ประชุมครั้งที่ 9/2552 เมื่อวันที่ 28 กันยายน พ.ศ.2552 โดยแบ่งเป็น 5 ฝ่าย ประกอบด้วย
1.สำนักงานเลขานุการ 2.ฝ่ายส่งเสริมเผยแพร่และฝึกอบรม 3.ฝ่ายสื่อการส่งเสริม4.ฝ่ายสื่อสารการตลาด 5.ฝ่ายการศึกษา วิจัยและพัฒนา